Medico presso l'Università di Lipsia, abbandonò presto la professione in quanto non soddisfatto dalle metodiche terapeutiche allora in auge (i salassi erano all'ordine del giorno).

Conoscendo correttamente le lingue, preferì allora dedicarsi alla traduzione di testi scientifici. Traducendo un articolo sulla chinina tratto dalla Materia Medica dell'inglese Cullen decise di provare gli effetti di quella sostanza su se stesso pur trovandosi in buono stato di salute. Dopo l'assunzione di chinina Hahnemann constatò la comparsa di sintomi tipo "febbre intermittente", gli stessi che la sostanza era in grado di curare.

Hahnemann ritenne allora di aver scoperto una nuova legge terapeutica, intuendo che sostanze assunte alle dosi abituali ponderali provocano specifici disturbi nei soggetti sani mentre a basse dosi erano in grado di guarire (Similia similibus curantur).

Per verificare ulteriormente questa analogia, Hahnemann decise di provare altre sostanze su di sé, sui membri della sua famiglia e sui suoi discepoli; per evitare gli effetti collaterali di sostanze dotate di poteri tossici, ridusse progressivamente la posologia dei medicamenti fino ad arrivare a dosi estremamente basse.

Involontariamente coniò così il "Principio delle diluizioni infinitesimali", osservando che l'azione dei medicamenti aumentava progressivamente con il diminuire della dose se la sostanza, durante i passaggi della diluizione, veniva sottoposta contemporaneamente ad un processo che egli chiamò "Dinamizzazione". Secondo questa tecnica ad ogni diluizione del medicamento la soluzione deve essere agitata manualmente per caricare "energeticamente" il rimedio, potenziando così la sua azione terapeutica.

Hahnemann pubblicò i risultati dei suoi studi, dapprima nel "Saggio su un nuovo principio per dimostrare il valore curativo delle sostanze medicinali" (1796), successivamente nel "Organon dell'Arte del guarire" (1810). In questo modo nacque l'omeopatia.